L’Almedina constitue la partie la plus élevée de la ville. Elle est formée de ruelles et de recoins qui évoquent des temps et des lieux révolus. Il s’agit d’une cité frontière d’époque médiévale dont l’enceinte historique fut entourée d’une ceinture de murailles abritant un château en son centre, ainsi que des édifices monumentaux construits ultérieurement, tels que l’église Sainte-Marie la Majeure, le couvent des Dominicaines de Madre de Dios et l’ancien hôpital, situés autour de la Plaza Palacio, centre névralgique de la Baena arabe et médiévale.
À l’intérieur de l’enceinte fortifiée subsistent encore des vestiges des anciennes portes d’accès à la ville arabe, comme l’Arche Obscure, l’Arche de la Consolation et l’Arche de Sainte-Barbe. On trouve également des vestiges de tours, notamment celle de l’Ancienne Prison, située près de la Plaza Vieja, qui constituait aussi l’un des accès de l’extrémité occidentale de l’Almedina.
Le Centre Historique de Baena se distingue par sa situation sur une colline, composée de maisons individuelles blanches et abritant à la fois des bâtiments administratifs et des ensembles architecturaux de grande valeur historique et patrimoniale.
